万历四十三年（1615）五月四日酉刻，蓟州男子张差持梃（枣木棍）闯入皇太子朱常洛所居隹的慈庆宫，击伤守门太监李鉴，并直闯至前殿檐下，才被内宫韩本用等人擒获。梃击案发生后，全朝惊骇。皇太子第二天奏报皇上，神宗立即命法司提审张差。刑部提牢主事王之寀等审出指使作案之人为宦官庞保、刘成，他们都是郑贵妃的内侍。许多言官奏请追查，但大学士方从哲、吴道南等则得出截然相反的结论，认为张差是疯子。25年不见群臣的神宗在慈宁宫召见方从哲、吴道南等文武群臣，警告他们不要离间神宗和皇太子的关系。而对挺击案，则不愿深究，下令张差为疯癫奸徒之罪，于同月二十九日处决，又将庞保、刘成偷偷在宫内灭口了事。同时，王之寀被削籍为民，主张追查的官员或降职或被罚俸。作为晚明三大案之一的梃击案牵连很大。关于此案的争论直至天启五年（1625）都没消匿。

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《几何原本》译成
    万历三十五年（1607）初，由意大利利玛窦口译，徐光启笔授的《几何原本》前6卷中文译文完成，并在北京付印，从而使这部希腊古典时期数学成就的总结性著作传入中国，并对中国近代数学发展产生的重大的影响。《几何原本》是第一部译为中文的西方科学著作，虽然只译出前6卷，但已充分显现出西方公理化数学体系的思想、方法与特点，其抽象的陈述形式及严密的逻辑推理都是中国传统科学中所缺少的。它的传入，对中国近代数学发展产生了重大的影响，这以后，不仅几何学知识在中国流传渐广，而且出现了不少中国已撰写的几何著作。