朱元璋起义不久就建立民兵万户府，实行军屯政策。他曾说要效法汉武帝及曹操的屯田政策，强调“兴国之本，在于强兵足食”，令将士屯田，“且耕且战”。当时屯田的主要目的是为了解决军粮问题，保证农民战争的顺利进行。朱元璋称帝后，继续利用军队实行卫所屯田。这时屯田的性质不同于以前，已变成对军士进行剥削的工具。据《明史·食货志》载，明政府规定，边地的军队“三分守城，七分屯种；内地二分守城，八分屯种”。屯军要向政府交纳赋税，称为“屯田籽粒”。洪武年间规定军屯“亩税一斗”。军屯的税粮是明政府的主要收入之一。除军屯外，还有民屯。明初统治者多次组织人多地少的“狭乡”农民到人少地多的“宽乡”去屯种，还把蒙古族人民迁徙到各地去屯种。这些屯民除移民外，还有“召募”和“罪徒”。他们直接由明朝地方政府管理，军屯则属於卫所管理。朱元璋从公元1368年建立明王朝，到公元1398年（洪武三十一年）七十一岁病死，在三十多年中，基本奠定了明朝一代的政治经济制度。他所采取的一系列政策，在一定程度上顺应了社会生产的发展。朱棣即位后，继续加强中央集权，消除了地方藩王的割据势力，继续实行垦荒和屯田，进一步加强对北方和东北地区的管理。从永乐元年（公元1403年）到永乐七年（公元1409年），陆续在东北地区设置了130个卫所。永乐七年，朱棣采纳了奴儿干官员的建议，下令设置奴儿干都指挥使司。永乐九年（公元1411年）又在黑龙江口附近特林地方设置了奴儿干都指挥使司（简称奴儿干都司）。奴儿干都司是明朝中央政府委派管理黑龙江、乌苏里江流域军政合一的最高地方行政机构。设有都指挥使，都指挥同知和都指挥签事等军政长官。在奴儿干都司的治所派有五百名驻防军。这些都司卫所的官员，都由明朝政府任命，其中有汉人，女真（满族）人和其他民族的人民。但卫所的官员，一般都由本部族的首领担任。各卫所的居民还得向明政府缴纳赋税。自明宣宗宣德（公元1426——1435年）以后，“臣僚宴乐，以奢相尚”。尤其是到英宗正统时（公元1436——1449年）土地迅速集中，朱姓皇族地主更加恶性膨胀。明政府给亲王庄田多达10万亩。嘉靖时岁支各藩禄米至853万石，再加上一批皇亲国戚，构成一个庞大的寄生阶层。他们凭借政治特权，往往以“空地”、“闲地”、“退滩地”、“荒地”种种名目，向皇帝“奏讨”，“乞请”赐田。官僚地主也乘机大肆兼并土地。剧烈的土地兼并，破坏了明初建立的屯田制度，原来的军屯，这时成为“田归豪室，赋累贫军”①。不少军官把士兵“私役在家，侵其军粮”，使得广大士兵无法生活，纷纷逃亡。