靖康元年（公元1126年），金军攻占开封，次年宋徽宗和钦宗二帝被掳北迁，北宋覆灭。1127年，赵构（宋高宗）在南京（今河南商丘市南）即位，史称南宋。在金兵的进逼下，高宗不断南迁，建炎三年（公元1129年）升杭州为临安府，建为行在所（临时首都）。

与北宋相比，南宋的南部和西南边界并没有什么变化，但北界却因金人的入侵而大大南移了。南宋初，金兵一度进到今湖南、江西和浙江三省的中部。绍兴九年（公元1139年，金天眷二年），宋金第一次和议成立，双方确定以当时的黄河为界。但次年金人毁约，出兵取河南、陕西。绍兴十一年（金皇统元年），宋金议定以淮河为界。第二年又将西部界线调整至大散关（今陕西宝鸡市西南）及今秦岭以南。以后虽有局部变动，基本稳定在这条界线。

据赵汝括于宝庆二年（公元1226年）所写的《诸蕃志》一书记载，当时澎湖列岛已隶属于福建路的晋江县。这标志着大陆政权对海上岛屿行使管辖的加强。