当时，宋军南路从信州扑向衢州、婺州；北路从上虞南犯，中路从浦江东犯。衢州、婺州相继失陷。东面的吕师囊起义队伍，在四月上旬曾数度猛攻台州城，下旬还一度攻占了天台、黄岩两城，这一局部攻势虽说不能扭转日趋危急的战争全局，但是，它显示了起义军自始至终勇猛顽强的战斗精神。至此，睦州、歙州一带的起义军主力部队大都退回青溪根据地。敌军也从东西两面包抄而来，形成了合围的态势。四月二十三日傍晚，刘稹率领的宋军西路主力率先向帮源门户箭门岭(又名箭门山)发动攻势。箭门岭的地形内陡外缓，一旦突破山口就把守不住。当时，方腊只顾把重兵放在岭北要道，而忽视了岭南那个隐蔽山口，只派一支小部队防守，让狡诈的刘稹钻了孔子。方腊闻讯率部增援岭南，竭力把宋军挡回去，然而战机错过，宋军早已长驱直下了。岭南山口的突破，使起义军抑发处于被动。几经掩杀，箭门岭最终落入敌手。为了保卫帮源的门户，军师汪公老佛和成千上万的起义军将土一起，用自己的鲜血染红了这里的每一寸土地。后人便把这座山岭叫做“血污岭”，这次战斗叫做“血战箭门”。四月二十四日，凌晨，宋军各路主力会合，向帮源、样桐发起全面总攻。二十万起义军将士奋起抗敌，把这一带方园四十里的山山水水，村坊茅舍，都当作抗敌的前沿阵地。杀声震天，奋斗不息，傍晚时分，帮源、样桐的大部分阵地被宋军占领，趁黑夜，方腊率部分将士隐入洞源里的一个人迹罕至的岩洞，准备天明突围。二十五日，凌晨，宋军收拢了包围圈，开始搜山，使方腊失去了重新突围的战机。二十六日，宋军王渊部稗将韩世忠侦知了方腊的下落，全力突袭这个岩洞，几经格斗，方腊、吕将等五十二人不幸落入敌手。统制辛兴宗截洞口，“掠为己功”，与韩世忠发生械斗，吕将等十三人乘机得脱。次日，童贯派重兵把方腊、方肥、方腊妻邱氏、子方毫等三十九人监送到汁京邀功请赏。吕将等人得脱后，又投入了战斗。这时候的帮源、样桐一带，尚有不少起义军在据险抵抗，大约七万起义将士，为保卫根据地一直战斗到生命的最后一息。吕将，这位文武兼备的农民起义领袖，在身负重伤的绝境中拨剑自刎，为起义贡献了自己的生命。帮源战役一结束，宋军加紧进攻浙东的起义根据地。各支起义队伍在被分割，敌强我弱的不利情况下，仍然进行着艰苦卓绝的保卫战。仙居吕师囊所部，在最后的一个多月里，辗转作战于仙居、黄岩一带的七十余响(即山谷)，顽强地抗击敌人；五、六月间，？刻县仇道人(裘日新)，东阳富求道入，永嘉俞道安等几支起义队伍，也分别在新昌、？别县、义乌山地和永嘉山谷，奋勇抗敌，几乎全部壮烈牺牲。这几个领导人，也都为这次起义而献身。宣和三年八月二十四日(公元1121年10月7日)，领导这次农民起义的主要首领方腊，面对赵宋王朝的屠刀，坚贞不屈，在汴京(又称东京，今河南省开封市)壮烈牺牲。整个方腊起义，从宣和二年秋帮源漆园誓师首义算起，至宣和四年夏秋间吕师囊、方七佛余部失败止，共一年零五个月的时间。起义虽然失败了，但是，各地农民奋起反抗赵宋王朝的斗争并没有停止。隐藏下来的起义军余部，有的利用明教组织，维持秘密的联系；有的还乘官府不备，进行突然的武装袭击。