在蒙古前期，中央存在着两套行政制度，一套是建立在“部落野处，非有城郭之制”的游牧经济和“国俗淳厚，非有庶事之繁”的阶级关系简单的社会基础之上的蒙古制度，另一套则是适应于被征服地区的社会经济和政治状况的汉官制度。
蒙古制度最早设置的政务官是“札鲁忽赤”，即断事官，所谓“国初未有官制，首置断事官曰札鲁忽赤，会决庶务”。其主要职责是执行法律，掌管刑狱。因早期官制没有明确的分工，断事官权力较大，得以专杀，并兼管其他事务。其次是怯薛（犹言番直宿卫）组织，主要负责大汗殿帐护卫，是大汗的侍卫亲军，还有一些怯薛人员负责管理营帐内的各种事务，称为执事人或执事官，“分冠服、弓矢、食饮、文史、车马、庐帐、医药、卜祝之事，悉世守之”，并且“奉旨署事，别无颁受宣命”，作为大汗手下的侍从而奉命管理政务，到一定时候即转化为政务官。
汉官制度是从太宗三年（公元1231年）“幸云中，始立中书省，改侍从官名，以耶律楚材为中书令，粘合重山为左丞相，镇海为右丞相”时开始的。耶律楚材原为怯薛执事官中的必阇赤（书写的人）。至此，怯薛执事官中开始分化出独立的政务机构，并且逐步得到完善。
忽必烈（公元1260——1294年在位）即位以后，居于北方的各大汗国日益脱离蒙古大汗的控制，忽必烈的实际统治主要只限于蒙古本上和中原地区，这样便加强了汉族文明对当时政治的影响，并促使蒙古人进一步接受汉族成熟的封建制度。于是，忽必烈“遂命刘秉忠、许衡酌古今之宜，定内外之官。其总政务者日中书省，秉兵柄者曰枢密院，司黜涉者日御史台。体统既立，其次在内者，则有寺、有监、有卫、有府；在外者，则有行省，有行台，有宣慰司，有廉访司。其牧民者，则曰路、曰府、曰州、曰县。官有常职，位有常员，其长财蒙古人为之，而汉人、南人贰焉”。这就是“中统（1260——1264）官制”，也是有元一代的基本定制。
从全国政务的角度来看，元代中央行政主要分为四个系统，即管理政务的中书省，管理军事的枢密院，管理监察的御史台，管理宗教和吐善事务的宣政院。这四个系统互不统属，依照自己所管辖的事物的范围，“得自选官”，直接对皇帝负责。
中书省是政务的主体，它既承汉代以来宰相“佐天子，理万机”的职权，又有“典领百官，会决庶务”的责任，“凡军国重事，无不由之”，是皇帝以下的最高政务机构。其首席长官中书令不常设，一般由皇太子兼领，而由其次席长官左右丞相来总领省事。其下设平章政事4人，“掌机务，贰丞相，凡军国重事，无不由之”，左右丞，“副宰相裁成庶务，号左右辖”；参政2人，“副宰相以参大政，而其职亚于左右丞”；参议中书省事4人，“典左右司文犊，为六曹之管辖，军国重事咸预决焉”。左右司分管9房48科，料理省中各项文牍工作。省辖吏、户、礼、兵、刑、工六部，分管各种政务。凡与政务有关的寺、监、卫、府事务也无不经由中书省调度。元代曾三次设立尚书省，与中书省分理朝政，但时间长者四年多，短者只有数月。又并入中书省，所以终元之世基本实行的是一省制。
枢密院是全国最高军事机关，“掌天下兵甲机密之务。凡官禁宿卫，边庭军翼，征讨戍卒，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”。枢密院设知院、同知、副枢、全院、同佥、院判、参议等官，分管院内外的军政事务。在中央凡与军政事务有关的寺、院、卫、府，都要接受枢密院的调度安排。
御史台是全国最高监察机关，“掌纠察百官善恶、政治得失”。总台设大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二人，分管总台和所属各部门的监察事务。御史台中央直属机构有殿中司，主管监察在京的文武百官；察院，“司耳目之寄，任刺举之事”。地方的直属机构是诸道行御史台（其建置如中央御史台）和诸道肃政廉访司（元最后定制为22道）。从中央到地方的监察官员都由御史台自选，奏清皇帝批准，这在历史上是绝无仅有的，说明了元代对监察工作的重视和加强。
宣政院是全国最高宗教事务和民族事务管理机关，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”。实际上所有的宗教和民族事务均归其所辖“其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用”。元代是比较崇信宗教的，由皇帝直接任命的帝师，是佛教最高领袖的象征，“正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于座隅”。终元之世任命帝师12人，最小的年龄只有12岁。元代不仅重视喇嘛教，对于道教、基督教、回教等也比较重视，各设有专门的管理机构，如崇福司及一些负责寺庙营缮的司和总管府，这些机构都要服从宣政院的指挥调度，从宗教信仰来划分统治支系，这是元朝政治的一大特点。
忽必烈曾经说过，中书省是我的左手，枢密院是我的右手，御史台则是我用来医治左右手的。三个系统再加上宗教思想上的控制，使皇帝能从多方面掌握各种政治情况，进而加强了皇权。用不同的方法和手段对幅员辽阔、民族众多的大帝国实行统治，在某种程度上反映了元代对古今中外政治的兼收并蓄，并且有所发展。
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